W pierwszej fazie wdrażania e-faktury będą dobrowolne. Korzystanie z e-faktur stanie się obowiązkowe od 2023 roku.

Zgodnie z ustawą faktura ustrukturyzowana będzie uznana za rodzaj faktury elektronicznej. Faktury ustrukturyzowane będą wystawiane i otrzymywane przez podatników za pośrednictwem systemu teleinformatycznego, tj. Krajowego Systemu e-Faktur. Faktura taka trafi do bazy danych MF i nigdy nie ulegnie zniszczeniu czy zaginięciu, nie będzie też konieczności wydawania jej duplikatów. Korzystający z e-faktur będą mieli pewność, że trafi ona do kontrahenta, a dzięki standaryzacji, dokumenty te będą łatwiejsze w użyciu. Łatwiejsze będą też wzajemne rozliczenia oraz księgowanie faktur w systemach finansowo-księgowych.

E-faktury mają także zmniejszyć obowiązki przedsiębiorców – przede wszystkim podatnicy nie będą musieli przechowywać takich faktur, bo będą one w KSeF przez 10 lat. Poza tym podatnik wystawiający faktury w KSeF nie będzie musiał przesyłać na żądanie organów podatkowych struktury Jednolitego Pliku Kontrolnego dla Faktur (JPK_FA). Dane te będą dostępne dla organów podatkowych w KSeF, Podatnicy wybierający e-fakturę, otrzymają zwrot VAT o 1/3 szybciej, a więc w terminie 40 dni, a nie 60 dni.

Wraz z przepisami wprowadzającymi e-fakturę zostały uchwalone regulacje, będące częścią pakietu SLIM VAT 2 i dotyczące kwestii fakturowania. Jak wskazało MF, według nowych regulacji nie trzeba będzie zamieszczać oznaczenia „Duplikat”, gdy pierwotna faktura ulegnie zniszczeniu lub zaginie, a także nie będzie już obowiązku umieszczania na fakturze korygującej wyrazów „Faktura korygująca” albo „Korekta” czy wskazywania przyczyny korekty